До складу Київводресурсів входять чотири міжрайонних управлінь водного господарства та Київська гідрогеолого-меліоративна експедиція, які виконують функції управління та контролю в галузі меліорації земель і водного господарства в своїй зоні діяльності.

Ірпінське міжрайонне управління водного господарства, обслуговує Вишгородський, Макарівський, Бородянський, Києво – Святошинський, Фастівський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Здвиг, Ірпінь, Віта, Сіверка. 

Іванківське міжрайонне управління водного господарства, обслуговує Іванківський та Поліський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок – Уж і Тетерів.

Обухівське міжрайонне управління водного господарства, обслуговує Обухівський, Васильківський, Миронівський, Кагарлицький райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Стугна, Росава, Красна, Леглич.

Трубізьке міжрайонне управління водного господарства, обслуговує Баришівський, Броварський, Переяслав-Хмельницький, Згурівський та Яготинський райони. Здійснює управління водними ресурсами в басейнах річок: Трубіж, Супій, Перевод, Гнила Орлиця.

Київська гідрогеолого-меліоративна експедиція до складу якої входять шість загонів та центральна гідрохімічна лабораторія.